Die Leitung der Arbeitsgemeinschaft besteht aus dem oder der Vorsitzenden und sieben weiteren Beiratsmitgliedern aus den verschiedenen Tätigkeitsbereichen der Krankenhausseelsorge. Die Mitglieder der Leitung werden von der Hauptversammlung auf vier Jahre gewählt. Die letzte Wahl fand im Oktober 2023 statt.